Nel corso Seicento le immatricolazioni degli studenti aumentano fino a superare il migliaio; nell’ultimo scorcio del secolo gli artisti diventano il doppio dei giuristi. Nella Sala dei Giganti viene stabilita la prima biblioteca universitaria italiana. Nei primi 10 anni del Seicento Galileo Galilei insegna e risiede a Padova; in questo periodo osserva gli anelli di Saturno, costruisce il cannocchiale e tiene una serie di lezioni sulla “stella nova” da lui osservata, pubblicando nel 1610 il Sidereus Nuncius.
Nel clima della controriforma, la Repubblica di Venezia assume un ruolo di difesa nei confronti dei docenti sospettati di eresia e degli studenti presi di mira in quanto luterani, calvinisti o appartenenti ad altre confessioni o credo. Attraverso diversi strumenti legislativi, ci si avvia verso un’università di Stato, nel tentativo di conservare il carattere cosmopolita dello Studio e impedire un’omologazione religiosa. Nel 1678 il Sacro Collegio dei filosofi e medici concede la prima laurea al mondo a una donna, la patrizia veneziana Elena Lucrezia Cornaro Piscopia.

Si laurea in filosofia e medicina a Padova lo scopritore della circolazione del sangue, William Harvey, più tardi ritratto nella Sala dei 40 a Palazzo Bo
In una lettera di Galileo a Paolo Sarpi compare la formulazione della legge sulla caduta dei gravi. Lo scienziato osserva la Stella Nova e tiene lezioni pubbliche
Nel corso del suo ultimo anno a Padova, Galileo pubblica il Sidereus Nuncius e osserva gli anelli di Saturno
Il capitano Angelo Correr denuncia, fra gli studenti, l’usanza della “spupillazione” (l’odierna “matricola”) nel corso della quale nascevano talvolta “risse et omicidi gravi”
La dimostrazione anatomica annuale viene affidata a Joahnn Wesling, più tardi autore di manuali di anatomia e prefetto dell’Orto botanico
Nella Sala dei Giganti viene stabilita la prima biblioteca universitaria italiana
Durante la dissezione di un cadavere, Joahann Georg Wirsung scopre il condotto pancreatico maggiore
Si laurea in diritto Gregorio Barbarigo; divenuto vescovo di Padova negli anni Sessanta, nega a Lucrezia Cornaro la laurea in teologia, concedendole invece quella in filosofia
Mentre studia a Padova, il britannico James Gregory pubblica la Geometriae pars universalis, considerato il primo tentativo di un testo sul calcolo infinitesimale
Viene conferita la prima laurea al mondo a una donna: Elena Lucrezia Cornaro Piscopia diventa magistra et doctrix in philosophia
Si laurea in medicina il primo studente americano, Edmund Davie