Il Cinquecento si apre per l’Università di Padova con l’interruzione della maggior parte delle attività. Gli anni della guerra di Cambrai (1508-1516) trasformano infatti Padova, per il suo fondamentale ruolo strategico e logistico nelle operazioni di difesa e riconquista della Terraferma da parte dei veneziani, da ‘città degli studi’ a città delle armi.
Dal 1530 tuttavia ricomincia a crescere il numero degli scolari (nel 1542 i rettori veneziani ne stimano a Padova circa 1.300) e insieme anche il bilancio dell’Ateneo che nel 1538 consente di attivare circa sessanta cattedre. Superati i primi anni, il Cinquecento si trasforma nel secolo d’oro per l’Università, che contribuisce a trasformare la città di Padova in centro del rinascimento scientifico. Ed è anche il secolo in cui l’Ateneo acquisisce la sua sede centrale, Palazzo Bo (Hospitium Bovis), acquistato definitivamente nel 1539.
Ma se lo Studio sembra ben riprendersi dalla crisi in cui versava dopo la guerra, nella seconda metà del secolo si registra un drastico declino del potere studentesco e lo scoppio di violenti tumulti nel 1560 porta il Senato alla decisione di privare in modo definitivo gli studenti della possibilità di scegliere i professori, togliendo così ogni vincolo di dipendenza dei docenti dagli studenti.
Il ‘500 si caratterizza però anche per alcuni importanti iniziative che contribuiscono a riaffermare l’Università patavina come la più avanzata nella ricerca scientifica e nelle strutture. Risale al 1545 infatti la fondazione del primo Orto botanico del mondo mentre nel 1595 viene realizzato il più antico Teatro Anatomico.
Con la ‘convivenza’ tra la ‘tutela’ della Repubblica sullo Studio e la ‘Patavina libertas’ in qualche modo ancora garantita, il secolo della Controriforma, che interessa e coinvolge anche l’Università di Padova e i suoi studenti, si chiude in sostanziale continuità con il ‘600 che inizia.
