Fin dal passaggio di Padova alla Serenissima, questa impose una sorta di “protezionismo” scolastico in favore del suo Studio.
Sostanzialmente, a partire dal 1407 s’instaurò un monopolio dell’istruzione superiore nel territorio veneziano, concentrato all’Università di Padova. In quell’anno, infatti, ai sudditi della Repubblica venne imposto il divieto di frequentare qualsiasi ateneo italiano diverso da quello di Padova, sotto la minaccia di gravi pene pecuniarie. Il divieto non fu recepito immediatamente e venne reiterato diverse volte, fino ad una imposizione più ferma nel 1744. Altre città, quali Treviso, Vicenza e Verona, abbandonarono ogni velleità di organizzare un proprio ateneo.

Il governo veneto assunse potere contributivo e decisionale nell’ambito dei finanziamenti, gestendo dapprima un fondo di 3000 ducati ricavato dalle tasse che riscuoteva nel territorio padovano, presto innalzato a 4000. Il comune padovano venne estromesso da qualsiasi forma di gestione del bilancio universitario, come pure dalla scelta del corpo docente, che invece il governo della Serenissima arrogò per buona parte a sé, mettendo in pratica la chiamata diretta di docenti illustri.

Furono preservati da Venezia i privilegi di autonomia giurisdizionale ed esenzione fiscale a favore degli studenti; inoltre la Serenissima si fece anche protettrice delle corporazioni in cui il corpo studentesco si era da lungo tempo organizzato.