A Padova erano tre i Collegi dei dottori, definiti ‘sacri’ perché avevano ottenuto dai pontefici il privilegio di conferire il dottorato: il Collegio dei dottori giuristi, che verosimilmente esisteva prima della fondazione dello Studio (1222), quello dei medici e artisti, sorto probabilmente nel 1250, e il Collegio dei dottori teologi che ha origine contemporaneamente, o subito dopo, la nascita della facoltà teologica.
Il Collegio aveva, ciascuno, propri statuti interni e propri sigilli con l’effige dei rispettivi prorettori: la Madonna con il Bambino per i giuristi, San Luca con il simbolico bue per gli artisti, San Girolamo, per i teologi, rappresentato in ginocchio.
Il Collegio dei giuristi e quello dei medici e artisti erano composti da dottori indigeni leggenti o non leggenti e da dottori ‘forestieri’ leggenti a Padova. Questi, inizialmente, erano 12, poi 20, e diventano poi, per quanto riguarda i giuristi, un numero illimitato. 
La loro funzione principale era quella di conferire il dottorato. Dai dottori dei Collegi venivano esaminati gli scolari arrivati al termine della carriera scolastica che, secondo quanto riferito dagli antichi statuti, avevano una durata di sei anni per il diritto canonico e civile, cinque per le arti liberali e almeno tre per la medicina.
Agli studenti stranieri il dottorato poteva essere conferito anche dopo una frequenza di pochi anni purché avessero dimostrato di aver seguito gli studi presso altre Università o dato prova di adeguata preparazione scientifica.
Per conseguire il dottorato lo scolaro, assistito dai suoi ‘promotores’ doveva sostenere due esami in lingua latina, uno privato, più scientifico, e uno pubblico, meno rigido, ma più solenne. Con il primo otteneva la licenza che lo abilitava al dottorato e alla professione, con il secondo, il dottorato che lo abilitava invece al magistero. Lo scolaro che aveva ben discusso gli argomenti che gli erano stati assegnati, veniva proclamato dottore e riceveva le insegne dottorali.